Na de vinificatie volgt het destillatieproces. Hoe sneller dit kan beginnen, des te beter, maar omdat de destillatiecapaciteit beperkt is, moet de wijn vaak enkele maande wachten voordat ze aan de beurt is.
Het destillatieproces in Charente moet aan allerlei regels voldoen die in wetgeving (de Wet van 15 mei 1936; zie ook Ontwikkeling van wetgeving) zijn vastgelegd. Anders mag de eau-de-vie die geproduceerd wordt later niet de naam Cognac dragen.
Eén van de regels is dat er een dubbele destillatie dient plaats te vinden. Tijdens de eerste destillatiestap, premier chauffe, wordt de wijn gedestilleerd tot een product van ongeveer 30% alcohol. Dit product heet Brouillis. Deze brouillis wordt opnieuw gedestilleerd tot een product van ongeveer 70%. Deze tweede stook heet de ‘bonne chauffe’ en het product is de eua-de-vie: een heldere vloeistof die geurt naar wijnbloesem en druif.

De alambiek

De destillatie gebeurt in een alambiek die van koper is gemaakt. Een alambiek bestaat uit een koperen destilleerketel, de chaudière,  die in een oven is ingemetseld en die door een naakt vuur (naakte vlam) wordt verhit. Vroeger op hout of kolen, tegenwoordig op gas.
De ketel is afgedekt met een helm of chapiteau waarin de dampen van de wijn of de brouillis omhoog worden geleid naar een lange buis of zwanenhals, de col de cygne, die naar een koelvat loopt. De zwanenhals gaat in het koelvat over in een meterslange spiraal, le serpentin. Het koelvat wordt met water gekoeld, waardoor de dampen kunnen afkoelen en condenseren. Uiteindelijk komt de vloeistof uit in een opvangvat.
De zwanenhals loopt vaak nog door een ander met wijn gevuld vat heen, waar het de warmte afgeeft aan de wijn die in een volgende gang gedestilleerd gaat worden.Details van de destillatie

Bij het destilleren gebruikt men niet het gehele destillatieproduct. Het eerste destillatiedeel, de voorloop, bevat zeer vluchtige en (te) sterke componenten en wordt apart opgevangen. Het middendeel, het hart of ‘le coeur’, daar gaat het dan om. Het laatste deel ofwel de naloop, is te zwak alcoholisch en wordt ook apart opgevangen. Dit geldt zowel voor de eerste stook die de brouillis geeft, als voor de tweede stook die de eau-de-vie oplevert. De wijn wordt verwarmd tot hij gaat koken. De meest vluchtige stoffen zullen het eerste verdampen.

Bij de eerste destillatie wordt onderscheiden: têtes (voorloop), coeur (het hart) en queues (naloop). Bij de bonne chauffe wordt onderscheiden: têtes, coeur, secondes en queues. De queues van de bonne chauffe worden ook vaak flegmes genoemd. De voorloop, naloop en secondes kunnen al dan niet bij volgende destillatiegangen worden toegevoegd. Het is de Maître de Chai die hierin de keuzes maakt op basis van zijn ervaring en zijn olfactorische kwaliteiten: zijn neus. Hieronder is schematisch aangegeven welke mogelijkheden daarvoor zijn.

De destillatie van de wijn kan al dan niet ´op de lees´ gebeuren, op het bezinksel van druivenpitten, schillen en gistcellen dat bij het gistingsproces naar de bodem is gezakt. Op de lies is destilleren is moeilijker maar het geeft een vollere, rijkere en kenmerkende smaak. Er moet wel af en toe worden geroerd om er voor te zorgen dat de lies op de bodem niet verbranden.
De dampen verdwijnen via de helm en de zwanenhals naar de spiraal. Onderweg geven ze hun warmte af aan de voorverwarmer, een vat waarin de volgende lading wijn in zit. Overigens zijn er ook bedrijven die geen voorverwarmer gebruiken omdat ze vinden dat de smaak hierdoor nadelig wordt beïnvloed doordat een oxidatieproces in de wijn op gang wordt gebracht. De temperatuur van de wijn in de voorverwarmer mag dan ook zeker niet te hoog worden (maximaal 40-50ºC.).

Liters en alcoholpercentages

De chaudière mag bij de bonne chauffe maximaal 30 HL inhoud hebben en tot 25 HL gevuld worden. Bij de premier chauffe mogen grotere stookketels worden gebruikt, namelijk tot maximaal 140 HL en deze mag dan tot 120 HL gevuld worden. Vooral de kleinere cognacproducenten, de bouilleurs de Cru, hebben natuurlijk maar één alambiek en die stookketel wordt zowel voor de premier chauffe als voor de bonne chauffe gebruikt. Hieronder staan tabellen met de opbrengsten in liters en in alcohol-%.

Tabel met opbrengsten premier chauffe

Tabel met opbrengsten bonne chauffe

De lading van de ketels verandert naar gelang er wel of niet op de lies wordt gestookt en naar gelang de hoeveelheid flegmes en/of secondes die worden toegevoegd.